つらつら、ぬらぬら、

これはストレスが溜まった時、もしくは時間が空いたときに勝手に愚痴を残し、それを勝手に覗いてもらおうってコンセプトのブログです。

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2024/05/07 (Tue)

ウェスタンブロットを行っていたら、なんとセルスクレーパーが無くなっている！！
ってことで、早速注文注文(-。-)y-゜゜゜

とりあえず値段でも比べてみるかってことでググってみる。。。

「セルスクレイパー」

・・・・・引っ掛からねー。名前間違ったか？

「セルストリッパー」

・・・・・引っ掛からねー。ってか研究室でアダルトサイトだされても。。。やっぱ最初の方が近いか？

「セルストライパー」

・・・・・引っ掛からねー。ってかもはやモノが違う。。。。

「cell striper」

・・・・・・Cell stripper？スペル違い？日本語なら結局。。。

「セルストリッパー」

・・・・・・やっぱダメ

「細胞剥がし　ウェスタン」

・・・・・・あぁ、セルスクレーパーって書きゃいいんだｗ

こんな感じで検索しました。
ってか、マイナーなものだけあって、
語彙の間違いが超シビアだわｗｗ

とりあえずセルスクレーパーが無い時は仕方なくブルーチップをひっくり返して細胞を取っている。。。
こんなんで良いんだろうか(-。-)y-゜゜゜

ちなみにRIPAで細胞を溶かしているといつも生じてくる疑問。
細胞溶解後に残っている沈殿物ってなんだよ！！
俺は膜タンパクがみてぇのに、
膜タンパクの可能性多いじゃねぇかーーーーー！！
ま、ウェスタン上で困らないからいいけど気になるわな(ーー゛)

今度調べてみるか。

あーそうそう、
膜タンパクって非常に溶けずらいらしいわな。
泳動ゲルのアプライ部なんて怖くてブロッティングできねぇ。。
（泳動バッファーのｐHとか界面活性剤の量によっては、ここで凝集してつまってるのが見えてしまう）

って思うと、SDSを細胞にぶっかけて練り練りしたあとに、
超音波とかで砕きまくるのが確実なのかねー。。

最後にアドバイスだが、
細胞量を稼ごうとか考えない方がウェスタンは成功するみたいですね。
細胞の溶解性が上がるからだと思うけど（＾◇＾）

欲張らなくても、今の検出試薬はフェムトグラム単位まで検出できるから、
アプライ量＆細胞タンパク収率はそこまで高い必要なさそうってことですｗ

便利になったもんだぜぃ(-。-)y-゜゜゜

俺が間違ってやったセルスクレイパーとかの検索でこのページ見る人が出てくるの楽しみだｗ

タンパク質の性質　検索

研究室のある午後、
あなたはいつも通りに実験を行っていた。

そこに先輩が来て「GATAって知ってる？」って聞いてくる。
基礎医学でタンパクやってる人なら大体は分かるタンパクなので、
あなたも名前くらいは聞いたことはあるはず。

「名前くらいは聞いたことあるんですけど、詳しくはわかりません」
「そんじゃ基本だから調べといてー」

ってな話の流れになるのは目に浮かびます。

そうなると、Pubmedで調べたりなんだりするも、
すぐにはよくわからん。

このくらい有名だとWikipediaでも出てくるかもしれないが、
特に英語版のWikipediaなら十中八九出てくると思うが、
出てこなかったとしよう。

ほんで、とりあえずグーグル先生に聞いてみたりする。
んで、どっかの研究室紹介ページとかで答えられるようになる。

・・・それでいいんですか？
まぁ、このくらい有名ならこれでもいいかもしれないけど、
Uniprotを使用してみよう！

Uniprot
http://www.uniprot.org/

Queryの所に調べたいタンパクの名前を入力
↓一覧の中から見たいものを選択
情報を吸いとる

ってな感じで、特に説明する事がないくらい簡単！
その上配列も分かるし、その機能的な配列名まで分かってしまうのである。

検索がｍRNAの名前でも、タンパクの略名でも出来るってのが非常にCoolなんですよ。

ちょっちょっちょいと調べたい時に抜群の能力を発揮します。
ただし、英語読むのに時間がかかる段階だと結構苦戦しちゃうかもｗ
まぁ、そこは頑張れ(^^)

ウェスタンブロッティング

基礎医学の研究をしている人間であれば絶対に必要となるのがウェスタンブロット。
細胞や組織から抽出してきたタンパクを電気泳動して流すっていうあれね。
ただし、これをちゃんと出すにはそれなりに守るべきところは守らにゃいかんわけよね。
ウェスタンがうまく出ません～なんて言ってられるのは
あなたがカワイイ女の子だからでしょう。
俺も男の後輩がでなければある程度厳しくするけど、
女の子なら手とり足とり教えてあげるしな―ｗ

で、守るべきところが分からない人達の共通点は、
今自分がなんでその操作をやっているか分かっていない。
それに尽きると思う。
研究室によって方法は変わると思いますが、
ちょー簡単に一応書いておきます。

細胞を剥がしてSDSを入れる。
ー細胞に強力な界面活性剤を入れてやって細胞をぶっ壊す。んで、タンパクの状態に持っていく。

超音波＆熱をかける
ー超音波と温度をかけてやることでタンパク凝集をほどく

電気泳動
ータンパクを分子量ごとにわける

ブロッティング
ータンパクをゲルからPVDF膜に移す（ゲルの状態であると後にラベルする抗体がゲル中に残ってしまうため。）

１次抗体＆２次抗体
ー目的とするタンパクのみを標識して可視化
※
一般的にHRPがついている２次抗体はよけいなもん（HRP）がくっついている分、結合は弱いって話す人もいます。

ってこんな感じの流れで行うのがWBです。
界面活性剤ってようは洗剤のことね。
俺は電気泳動に使った泳動バッファーを捨てた後、
容器に洗剤を入れて洗う人が不思議だったりする。
泳動バッファーは常識的に考えてタンパクが可溶化する条件で作られているはず
（タンパク可溶化条件じゃないと流している最中詰まる・・よね？）だし、
普通に流すだけで十分じゃないのかなーって常づね思ってたりする。

まぁそこら辺は好みだから何とも言えない所なんだけどね。

ネット恋愛の可能性

思いつきをつらつら。。。って感じだけど、
今日はあえて研究の一部として記事を書かせていただきます。

「メールを介したネット恋愛の有用性と現実世界への応用」

【背景】
　生物にとって、子孫を残し遺伝子を次世代へ残す事は非常に重要である。またこれは、最も基本的な生物行動として知られている。異性を有する動物である場合、相手を念入りに選び交配を重ねる動物は非常に稀である。猿やチンパンジーをはじめ、人類は恋愛を行い、相手のことを知ってから交配を始めることが多い。日本では、文のやり取りによる恋愛方法が古くに使用されており、婚姻を結ぶまで結婚相手の顔を知らないのが常識であった。しかし、近年草食系と呼ばれる恋愛に奥手の人が増えたため、インターネットを媒介とする恋愛（ネット恋愛）が流行となっている。それに付随してネカレ、ネカノと言った言葉も新たに創られており、まだ使用人数は少ないものの注目を浴びている。そこで、本研究ではメールのやり取りのみで恋愛を行い、ネット恋愛の有用性を検討した。

【方法】
　au製の携帯を用い、無料ゲーム提供サイトgreeを介して異性へのメールを行った。年齢によるバイアスをできるだけ避けるため、異性は同年齢を選んだ。基本的にメール着信後5分程度で返信するものとした。相手が逢いたいと意志を示した後にこちらから現実世界で会う約束をするものとした。

【結果と考察】
　相手へのアプローチ（アプローチ方法は非公開）を行い初めて3日目にあちらから逢いたいと言ってきた。そこで、4日目に実際に逢う約束をした。
　実際に会い、出会い系のサクラで無いことを確認した。食事と買い物をしただけであったが、直接会うまではかなり緊張していたものの、初対面にも関わらずそれほど緊張しなかったと異性からコメントを得た。
　現実の私と、メールの私のギャップについて聞いたところ、外見は想像していたものとは異なっていたが、内面はそのままだった言っていた。
　結論からすれば、ネット恋愛からリアルの世界への恋愛に発展する可能性はあるものと示唆された。本実験ではあくまで研究目的であることを相手に暴露したため、その後の恋愛を行うことはないことを示したため、そのような展開にはならなかったが、本気で出会えば現実世界での恋愛に発展した可能性がある。しかし、メールと言う特殊な手段によりアプローチを行うため、相手を自分の頭の中で創造してしまい、現実に合う相手には興味をしない可能性も示唆される。
　このように、ネット恋愛は相手の外見が見えないためにリスクを背負うものの、お互いが誠実に連絡を取り合うのであれば現実の恋愛に発展する可能性が示唆された。
　本研究においては相手が誠実にメールをしてくれていたことが功を奏しトラブルはなかったが、相手によっては犯罪が起こる可能性がある。
　ネットから現実世界で会うことによる犯罪の増加傾向が見られており、ネット恋愛をしようとする場合、各々このリスクを背負うことになってしまう。
　そこで、より確実に相手を判断する手段として、実際に会う前にスカイプなどによる連絡を取ることが望ましい。ただし、本人があいてであるかどうかは不明であるため、過去のさりげない質問内容などから相手がメールしていた対象者であるか確認する必要性は挙げられる。

リポソーム

リポソームってなんだかわかりますか？

ドキシル（Doxil）で使われてるって言えば抗がん剤治療を受けている人であれば想像できるでしょうか。

ドキシルは、リポソームにドキソルビシン（アドリアマイシン）と言う抗がん剤を内包したものです。

このリポソームは、ドラッグデリバリーシステム（DDS）のキャリアと呼ばれています。

キャリア？って言われても想像しにくいかもしれません。
カプセルに薬が入っているものを飲んだ事はあると思います。
このカプセルのことだと思って下さい。

目に見えないナノサイズのカプセルがDDSキャリアとして使われるリポソームです。
※ちなみにナノ＝1/1000000000 mの事です。
1mmの100万分の１ですね。

このリポソームはどんな貢献をしたのか。

ドキソルビシン単体で用いた時に比べて副作用が激減したのです。

ブログでDoxilを使用した人の感想では、
本当に自分は抗がん剤治療を行っているのだろうか？
って思うほど副作用が低減するそうです。

特徴的な吐き気などの副作用が出ない、
つまり、自覚する副作用がほとんどなかった。

このように出来るのがキャリアなのです！！（強引すぎｗ）

じゃぁ一体なんで副作用が下がったんだよ？って聞きたくなりますよね。
その理由を話す前に、まず副作用がなぜ出るのか知らなくてはいけません。

副作用は、ターゲットとなる腫瘍組織以外の正常組織で薬が働いてしまうことにより生じます。
このドキソルビシンと言う抗がん剤は、
細胞の中にあるDNAに差し込まれることで細胞分裂を起こせなくすると同時に、アポトーシス（簡単に言えば細胞の自殺）を誘発するものです。

この薬自体は、正常組織の細胞だろうが腫瘍組織の細胞だろうが関係はありません。
どちらの細胞にも働きます。

この薬は注射によって投与されるので、全身の組織に行ってしまう。
つまり、正常組織も殺してしまう。
そのために副作用が起こってしまうのですね。

例えを出すのであれば、
100m離れたコイン（腫瘍細胞）を打ちぬくのに、
マシンガン（薬剤）を連射しているようなもので、DDSが提唱する前はこれが当たり前でした。

話は戻って、なぜリポソームに入れると副作用が下がるのか。

抗がん剤をリポソームに入れることで抗がん剤が働かないようにするんです。
そして、目的の患部に取り込まれたときにリポソームが壊れることで、
内包した抗がん剤を放出するのです。
このようにして副作用を下げているのです。

つまり、正常組織を傷つけずに腫瘍組織のみを選択的に殺すことができるんです。

ここまでで質問はありますか？
＞なぜ腫瘍に集積するの？

・・・勝手に質問を書いてしまいました。

ま、まぁ皆聞きたいと思うので書いてしまおう。
答えの鍵は、リポソームの粒径・・つまり大きさにあります。

リポソームの粒径は100 nm程度になります。
このサイズは、一般的に正常組織に取り込まれ難く、
EPR効果によって腫瘍組織に集積しやすい性質を持っているのです。
そのために腫瘍組織に集積するのです。

EPR効果とは？
腫瘍組織に存在する血管は、
血管を構成する細胞の結合（タイトジャンクション）があまり存在しないために普通の血管よりも薬剤などの透過性が良い。
それによって薬剤が血液内から組織へと浸透する。
このような効果を表します。

俺の書き方じゃ想像しずらいかな・・。
人壁を作るとします。これを血管だと思って下さい。
正常組織の血管は腕を組んでいる人壁、
腫瘍組織の血管は手をつないだ人壁。
前者であればサッカーボールを通すことはないですが、
後者であればサッカーボールが通ることができる。

ま、こんなものです　汗

ちなみに一般論として言うと、
粒径が200 nm以上では肝臓や肺に集積、
10 nm以下では腎臓から尿へと排泄されてしまうとされています。

そのため、血中に投与するキャリアは10～200 nm程度のサイズになるように作られています。

私の研究は、このリポソームよりすごいキャリアを作ってみよーってことで行っております。
まぁやればやるほどリポソームってすげーなーってなっちゃうんですけどねｗ

一応知っている人の為に誤解無いよう書いておきますが、
Doxilで使われるリポソームはPEG化リポソーム（ステルスリポソーム）です。ちょっとPEGについてまで書くのが大変だったのでそれはまたってことで端折らせてもらいました。

ちなみに、ABC現象について詳しい人がいたらぜひコメントを。
質問「どうやってPEGを免疫細胞は認識するのでしょうか？」

感情の操作

昔は感情豊か、ある時から感情を操作して生きてきました。

そこで私はある疑問がわいてきました。

「自分が感情を抑えている時、一体脳は本当に活動が抑えられているのか？」
「自分が考えていないときと、意図的に考えていない時の脳活動は同じであるのか？」

主にこの二つが疑問でした。
大雑把に見ればほとんど同様の疑問です。

前者は、感情が生じる時の脳活動自体、
後者は、感情を抑えている時にある神経を抑制することで感情を抑えているのであれば、感情を抑えるニューロンが活動しているはず。

こんなことを思っている時にちょうど良い被験者の依頼が来ました。

４人の喜怒哀楽の顔を一枚ずつ見て、
その時の脳活動をｆMRIで見ると言う被験者。

実験者の意図しないデータかもしれませんが、
申しわけないですが試させてもらいました。

写真を見たとき、特定の一人の時は常に喜楽の感情を、
別の一人の時には常に怒の感情を、
それ以外はすべて無感情という制御を意図的に行ってみました。

ちなみに、完璧に遂行するため？喜楽の時の人はかわいい女の子、
怒の時はよくわからん男の写真の時にやりました。

結果、

詳細なデータはお見せすることができません。。。

・・・そりゃそっか。って感じで終わりです。

しかし、その実験に関わっていた友達に後で聞いてみました。
喜怒哀楽によって制御されると予想されるデータのところ、
私のだけは、人によって脳活動が制御されている＆活動領域がその時はあまり変わらない。
と言われました。

この話を聞いただけでの結論。
自分で脳活動を制御することが可能であり、脳は自分が思った通りに活動していると言うこと。

ただし、最初の疑問の後者はデータを見られないのでなんとも言えませんでした。

とりあえず楽しかったぁ♪

＜＜私の実験データは「外値」として除外されたらしいっす。。ほんと申し訳ないことをしました＞＞

動物実験

＞＞あくまで私の個人的な考えなので、これが一般的に思われていることと考えないでもらえるとありがたいです。深い意味はなく、なんとなく書きたくなっただけなんで。。

動物実験反対！

って声をよく聞きます。

私は動物実験には賛成です。

もちろん「動物実験を行う上での倫理をわきまえている実験であれば」と言う話ですが。

なぜ賛成するのか。

まず、反対派の意見をＮＰＯ法人動物実験廃止を求める会（ＪＡＶＡ）で見て見ました。

写真に写しだされているのは基本的に犬や猫といった、
普段人間がかわいがっている動物ばかり。

挙句の果てにはサルの写真。

しかもそれらは相当残酷な実験に使われているものが多いですね。
ストレス実験のために足を打ち砕かれた犬。。とか。

確かにこれが通常行われている動物実験であると思ってしまえば反対するのも無理はありません。

現実には、このような実験を行っているところは無いに等しいと思います。

もちろんこのような苦痛を伴う実験が「通常」では無いと知っているから賛成の立場にいるわけではありません。

賛成理由が言えるのも、私自身が動物実験を行っている立場で、
動物実験というものがどんなものなのかよく知っているからです。

哺乳類動物を相手に行う生物の実験に必要なのは何でしょうか。
・細胞
・組織（臓器）
・生体（動物）

主にこの３つです。
実験の段階でプラスミドって言う２本鎖DNAが必要になるのであれば、
大腸菌E.coliもよくつかわれています（プラスミド増幅のため）。
動物実験賛成の理由はこんなことがあるからです。

CaseA
医学の研究分野で最近よく耳にする問題があります。

「細胞で証明してきたタンパクの働きは、生体を用いるとそのような結果を示さないことがある」と言う問題です。
分かりやすく具体例を出すと、

Aと言うタンパクが見つかった
↓Aを発現する遺伝子の塩基配列○を変えてやると、このタンパクは機能しなくなる
↓Aを発現する遺伝子の塩基配列●●を変えてやると、このタンパクは常に機能するようになる。
↓Aを発現する遺伝子をそのまま神経細胞に導入したもの・機能しない遺伝子を入れたもの・常に機能するもの　の３種類を作って観察
↓結果
・そのまま：神経細胞から突起がでてくる
・機能しない：神経細胞から突起がでてこない
・機能する：神経細胞から多数の突起がでてくる
↓結論
タンパクAは神経細胞の突起を出すのに重要

ってものがあったとします。

しかし、マウスにこの遺伝子を導入してやっても、
遺伝子発現しているにも関わらず神経細胞の突起は変わらない？むしろ少なくなっている気が。。

詳細に調べてみると実際に少なくなっている。。。

これはあくまで例ですが、こんなことが実際に起こるんです。

細胞で出した答えが、生体だと逆になってしまうってことが。。

細胞でなく、組織で実験を行ってきたものもこの対象に入るかもしれません。

最初から生体を使っていればどんな役割をするのかすぐにわかったかもしれません。
結局人間は、生体で何を起こすタンパクなのか？が知りたいので、生体を使ったほうが明らかになることが多いのです。

もちろん細胞を使用したものも、基礎研究としてみれば無駄であったわけじゃありませんが。

Case2

新しい薬になりそうな物質Bを作成した。

細胞にかけてみたところ、毒性は見られなかった。

しかし、マウスに打ったら死んでしまった。

っていう例があったとします。

よくよく調べてみたら、Bを投与することによりアナフィラキシーショックを起こして死んでいた。つまり、ハチに刺されまくったのと同じ原因で死んでしまったのが分かった。

生体の実験であれば簡単に原因を探ることができます。
しかし、細胞レベル、専門的に言えばin vitroのレベルで解析できることには限界があります。
免疫云々っていうなら免疫細胞使えばいいじゃんって人がいるかもしれませんが、結局マウスを使ってT細胞とB細胞の割合がーとか、
数がーってデータで議論した方が信憑性があるんですよね。
普通、細胞のデータと生体のデータを比べたら、
生体のデータを信じたくなりますからね。

このBのように細胞に対して何かを起こすものならともかく、
（全く予期していなかったのに）物理的に血管を塞いでしまうような毒性だともっと調べにくいです。

最終的に生体に使用するものは生体を使用しないと分からないことが多すぎるのです。

CaseAとCaseBで分かるように、生体の実験は必要だと私は考えています。
人工血管の作成、人工臓器の作成や、ガンになる可能性が示唆されているiPS細胞の生体への適応段階などでも動物実験は恐らく必要になってきます。

・・・つらつら書いてきましたが、これを読んだ人が
動物実験賛成！！って叫ばれてしまっては残念です。

一番の原因は、生体を使用するのと同じくらい性能が良い実験デバイスが無いこと。と考えているので。

できれば、↑の原因があるのだから、素晴らしい実験デバイスをさっさと作れ～って主張してもらいたいです。

最後に念を押しておきますが、あくまで私個人の考えです。

良ければコメントお願いします♪

metallothionein

このタイトルを見て分かる人はあまりいないと思います。

論文を読んでてたまたま見つけたタンパクの名前なのですが、
金属結合性のタンパクです。

言い換えれば、metallothionein（メタロチオネイン）は、
カドミウムCdなどをキレートしてくれるタンパクなんです

で？
って声も聞こえそうですが、私にとっては衝撃的なタンパクでした

病原菌に対する防御機構としての抗体（予防接種して得られるやつ）の
ように、人体にとって有毒な金属をくっつけて運んでくれるのです。

人体が外から入ってきた金属に対しても対抗できると知って
衝撃が走りました。

まぁ、血液の血漿成分に含まれるトランスフェリンも鉄Feを運んでくれるので、
同じようなもんだと言われれば否定はできませんが。。
自分はメタロチオネインを気に入ったのだから仕方ない。

とりあえずmetallothioneinの存在を知ってほしくて、
今日はこんな記事を書いてみました

気になった方は調べてみてください♪

ラムネ

今日の午前中に一仕事終えたので、
家に帰って自家製ラムネを作ることにしました。

＜用意するもの＞
砂糖
クエン酸
炭酸水素ナトリウム（重層）

たったこれだけです。
どれも薬局で普通に買えます♪
（あえて書くと、クエン酸も炭酸水素ナトリウムも食器とかの洗浄に使うものだよなー）

ちなみにそれぞれをただ単に舐めると、
砂糖：甘い
クエン酸：すっぱい
炭酸水素ナトリウム：苦い
って感じですね。

とりあえず適当に混ぜて作ることに・・・

炭酸水素ナトリウムとクエン酸を混ぜると、
とりあえず炭酸飲料はできます。

自分で作ったのだから、この段階で味見をすることに・・
何とも言えない不味さ・・

砂糖を加えると・・（ワクワク）....あれ？大してうまくない

どうすればうまくなるのか・・
悔しいけど疲れたから今日は条件検討せず諦めるか～

どうして死んじゃうの？

今朝は眠い目を擦りながら、中学生と少し話す時間がありました。

普通の会話をしているときに、「どうして生物は死んじゃうの？」って聞かれました。

その時の自分は「何でだろうね？」って聞き返してその話は終了

なぜこのような返答をしたのか、
理由は一つです。

どこに焦点を絞って答えればいいのか分からなかったからです。

哲学的な要素で答えればいいのか、
生物学的な要素で答えればいいのか非常に困りました。

哲学的なことを学んだことがないので、
そもそも哲学的にこたえる事はできないんですけどね

生物学的にいえば、
「変わっていく生活環境に適応する生物を生み出すため、
　進化をするために死ぬ」って答えていたと思います。

しかし、そうであるならば「現在生きている生物が死ぬ必要は
ないのではないか？」とも考えられます。

ちょっと科学的な教科書を読んでいて、人間の細胞分裂機構を知っていれば、
「細胞分裂を行うたびにDNAが削られていくので、あるところで
　生物は生命を維持できなくなる」ってことが分かると思います。

そういうと、「ウイルスが持っているテロメアーゼを発現するような遺伝子を導入すれば一生生きられるんじゃないの？」って言う人が出てくるかもしれませんね。
※　テロメアーゼ：細胞分裂のときにDNAが削られるのを防ぐ酵素

しかし、この方法で一生生きるって言うのは無理です。

生命を脅かす要因がこれだけではないからです。

化学物質・太陽からのエネルギーなどなどDNAを損傷するものは
この世に溢れています。

これらによるDNA損傷を修復する機構はもちろん備わっていますが、
それらも時々”エラー”を生じてしまいます。

このエラーがガンを誘発したりして、最終的に死んでしまうんですね。。

生物と言う個体は非常に面白いもので、
あらゆる障害から身を守る機構を備えています。
柔軟性が高い対応力を備えていると言えばいいのかなぁ・・・

その柔軟性は良いほうにも進めば悪いほうにも進む時もあります。

そして、柔軟性がある割には精密な構造で出来ているんです。
ある面では超デリケートなんです。
なので、あんまり乱暴なことを行い続けると間違いなく壊れやすくなります。
（健康には気をつけてくださいね